Bel fıtığı, boyun fıtığı, boyun düzleşmesi, boyun-sırt-bel ağrıları, fibromiyalji, kronik ağrı sendromu, ankilozan spondilit, postür bozukluğu, omuz-kalça-diz eklem problemleri, eklem ağrıları, kas spazmları vb. birçok alanda klinik pilates uygulanabilir.

Omurilik ve eklem rahatsızlığı olup doktorlarının spor yapmasına izin verilmeyenler pilates yapmamalıdırlar. Bel ve boyun fıtığı olanlar ise hafif egzersizler şeklinde pilates yapabilirler.