Medikal Pilates, duruş, çekirdek güçlendirme, odaklanma, denge, kontrol, güç, nefes alma ve esnekliğe odaklanan bir pilates formudur. Genellikle ameliyat sonrası yaralanmalardan veya bireysel yaralanmalardan kurtulmanıza yardımcı olmak için fizik tedavi ile birlikte kullanılır. Klinik pilates, deneyimli ve pilates eğitimi almış fizyoterapist tarafından Reformer veya Cadillac cihazları kullanılarak yapılır. Omurga ve ekstremite (kol ve bacak ) kaslarının tamamı bu sistem ile çalıştırılabilir. Öte taraftan pilates programında karın, sırt, bel, kalça ve bacak kaslarının güç çalışmalarının yanında nefes yöntemleri de kullanılarak denge çalışmaları da yapılabilir. Klinik pilates, uygulaması öncesinde mutlaka hekim değerlendirmesi yapılır ve ona göre program oluşturulur. Egzersiz programı uzman fizyoterapist tarafından gözetimli olarak uygulanır. Değerlendirmede kişinin şikayeti, hastalığı, egzersiz ihtiyacı, nelerle kombine edileceği, nelerden kaçınacağı gibi konular belirlenerek güç, esneklik ve dayanıklılık konusundaki vizyon belirlenir. Egzersiz hafif tekrar ve yüklenmelerle başlanıp artan bir tempoda ilerler ve plato noktası tespit edilir. Pilates, omurilik stabilizasyonuna odaklanan fonksiyonel pozisyonlarda ve düzlemlerde nöromusküler yeniden eğitimi teşvik eder